S.T.A.L.K.E.R.: Cień Czarnobyla jest grą typu first-person shooter zawierającą jednakże wiele elementów typowych dla gier fabularnych takich jak handel i wymiana informacji z bohaterami niezależnymi, wykonywanie misji pobocznych czy dobór ekwipunku. Gra ma nieliniową fabułę – misje mogą być wykonywane w kolejności wybranej przez gracza